С 2020 года Центр активно развивает направление проектной деятельности. Это проектные образовательные программы и цикл мероприятий, позволяющий школьникам 8–10 классов найти идеи и наставников для своего проекта и принять участие в конкурсах, в том числе во всероссийском конкурсе научно-технологических проектов «Большие вызовы». Среди успешных проектных программ Центра — треки «Подмосковной проектной школы», «Космические технологии», «Литературное творчество», «Современная энергетика», «Большие вызовы» (финал регионального конкурса научно-технологических проектов «Большие вызовы»), «Социальное проектирование», «Мастерская визуальных проектов».